UE finansuje zestaw narzędzi kierowanych zarówno na sektor rolny jak i na promocję szerzej rozumianego rozwoju gospodarczego obszarów wiejskich. Finansowanie może obejmować między innymi poprawę struktury gospodarstw, rozwój podstawowych usług na rzecz gospodarki i ludności wiejskiej, odnowę i rozwój wsi, ochronę i zachowanie dziedzictwa kulturowego wsi, różnicowanie działalności rolniczych lub wprowadzanie innych inicjatyw dających alternatywne dochody, zarządzanie rolniczymi zasobami wodnymi, popieranie rozwoju turystyki i rzemiosła oraz ochronę środowiska.

1. Nowe narzędzia wynikające z reformy z czerwca 2003 roku:

– płatności motywacyjne dla rolników uczestniczących dobrowolnie w unijnych lub narodowych programach stworzonych dla poprawienia jakości produktów rolnych
i procesów produkcji oraz programów kontroli jakości;
– finansowe wsparcie, wypłacane producentom za ich produkty wyższej jakości obejmujące finansowanie działalności promocyjnych oraz dla działań obejmujących informowanie konsumentów.
– wsparcie tymczasowe, ograniczone w czasie, mające pomóc rolnikom we wprowadzeniu ustawowych standardów UE w zakresie środowiska, zdrowia społeczności, zdrowotności zwierząt i plantacji, dobrostanu zwierząt oraz bezpieczeństwa pracy,
– pomoc finansowa dla rolników na pokrycie kosztów związanych z korzystaniem z usług doradztwa rolniczego umożliwiających osiągnięcie przez ich gospodarstwa nowowprowadzonych standardów współzależności (cross-compliance).

2. Wysokie standardy jakości, bezpieczeństwa

Zreformowana WPR kładzie większy nacisk na współzależności (cross-compliance).
W wyniku porozumienia z czerwca 2003 rolnicy będą mieli zmniejszane swe subsydia jeśli nie będą spełniali zasad ochrony środowiska, dobrostanu, zdrowia społecznego, zdrowotności zwierząt i plantacji. W ramach Agendy 2000 współzależności były dobrowolne dla Państw Członkowskich i stosowane tylko odnośnie standardów ochrony środowiska. Obecnie współzależności są obowiązkowe. Wszyscy rolnicy otrzymujący płatności bezpośrednie będą przedmiotem współzależności.
Dodatkowo, polityka jakości UE w rolnictwie obejmuje narzędzia promujące niektóre produkty. Konsumenci rozpoznają poszczególne produkty poprzez nazwę miejsca gdzie zostały one wyprodukowane, przez nazwę, która oddaje ich tradycyjne cechy, czy też zaspokajające ich wymagania. W przyszłości, płatności motywacyjne dostępne będą dla rolników, którzy dobrowolnie przystąpią do programów UE lub narodowych, kierowanych na poprawę jakości produktów i procesów produkcyjnych. Uprawnione do wsparcia będą następujące programy UE:
– ochrona geograficznych oznaczeń i identyfikatorów pochodzenia produktów rolnych
i artykułów żywnościowych,
– certyfikaty dla specyficznych cech produktów rolnych i artykułów żywnościowych,
– ekologiczne metody produkcji produktów rolnych i wskaźniki ich oceny,
– jakość win produkowanych w określonych regionach.

Należy przy tym pamiętać, że  Polsce sposób prowadzenia dokumentacji księgowo-podatkowej uzależniony jest od statusu prawnego przedsiebiorcy, sposobu opodatkowania działalności, w tym szczególnie podatkiem dochodowym od osób fizycznych i podatkiem od towarów i usług, a także rozmiarem prowadzonej działalności.

3. Dobrostan zwierząt

Zakres narzędzi rolno-środowiskowych będzie poszerzony przez zapewnienie wsparcia rolnikom, którzy dodatkowo poprawią dobrostan zwierząt. Przestrzeganie ustawowych standardów dobrostanu zwierząt będzie odbywać się na koszt własny rolnika, ale UE zapewni wsparcie tym rolnikom, którzy dobrowolnie zobowiążą się do osiągnięcia standardów wychodzących poza przyjęte prawnie warunki chowu zwierząt.

UE ma obecnie ponad 400 oznakowań geograficznych i oznaczeń pochodzenia (dodatkowo zarejestrowanych jest ponad 4000 oznaczeń dla win i alkoholi). Także Państwa Członkowskie mogą udzielać pomocy w ramach narodowych programów jakości żywności jeśli spełniają one zestaw kryteriów Unii.

W ramach WPR duży nacisk kładzie się na rozwój rolnictwa ekologicznego. Rolnictwo ekologiczne wymaga od rolników powrotu do zapewniania żyzności gleby za pomocą nawozów organicznych, zwracania uwagi na dobrostan zwierząt, unikania stosowania syntetycznych środków ochrony roślin, nawozów sztucznych, hormonów wzrostu, antybiotyków i genetycznych manipulacji. Rolnicy ekologiczni stosują szereg technik, które pomagają w zrównoważeniu ekosystemu i ograniczeniu zanieczyszczeń. Unia wprowadziła zasady rolnictwa ekologicznego w 1991 roku. W celu zapewnienia autentycznych metod ekologicznej produkcji rolnej wprowadzono ramy określające produkcję ekologiczną dla upraw i produkcji zwierzęcej oraz wprowadzono zasady znakowania procesu produkcji i marketingu produktów ekologicznych. Aby zagwarantować konsumentom, że kupowane przez nich produkty sa wyskokiej jakości i są w rzeczywistości produktami ekologicznymi, wprowadzono obowiązek oddzielnego łańcucha produkcji dla tej żywności z parametrami które muszą być spełnione. Motywacje dla rolnictwa ekologicznego są przyznawane w ramach unijnych programów rolno-środowiskowych.