Wydatki UE na rolnictwo są ponoszone z Europejskiego Funduszu Orientacji i Gwarancji Rolnej (EFOGR). Reformy WPR w ramach Agendy 2000 zwiększyły przejrzystość w finansowaniu WPR jak również ustabilizowały całość wydatków na WPR oraz pozwoliły na zarezerwowanie większych funduszy na narzędzia rozwoju wsi. Zaistniały dwa główne obszary (tzw. Filary) wydatków na rolnictwo.
Wspieranie rynku i dochodów (Filar 1)
Narzędzia wspierania rynku i dochodów są narzędziami najściślej kojarzonymi z produkcją rolną. Obejmują one płatności bezpośrednie dla rolników oraz są kontynuacją powiązanych z rynkiem subsydiów w ramach rynkowych organizacji wspólnoty (CMO), takich jak zakupy na zapasy publiczne, schematy zdejmowania nadwyżek i dopłaty do eksportu. Jak dotąd były to główne obszary wydatków WPR. Jednakże i one stopniowo ulegają zmianom. Finansowanie narzędzi Filara 1 ma źródło w Europejskim Funduszu Orientacji i Gwarancji Rolnej (EFOGR) w sekcji Gwarancji.
Rozwój wsi (Filar 2)
Rosnące znaczenie narzędzi rozwoju wsi ma zmierzać do rozszerzenia usług na rzecz środowiska, wprowadzenia pomocy dla gospodarstw położonych na obszarach o trudnych warunkach, promocji jakości żywności, termomodernizacja obiektów, osiągania wyższych standardów i dobrostanu zwierząt. Narzędzia te są wspólnie finansowane (ko-finansowane) przez UE i przez Państwa Członkowskie. Nowy system obowiązkowej modulacji (tj. przeniesienie funduszy z produkcji do rozwoju wsi) będzie miał zastosowanie do finansowania nowowprowadzanych narzędzi rozwoju wsi, które zostały uzgodnione w ramach reformy WPR w czerwcu 2003 roku, czy też na wzmocnienie już istniejących narzędzi. Reforma z roku 2003 spowodowała wzrost funduszy na rozwój wsi o 1,2 miliarda EUR rocznie.
Główna część wydatków na narzędzia rozwoju wsi finansowana jest z EFOGR – Sekcja Orientacji. Sekcja Orientacji jest jednym z czterech Europejskich Funduszy Strukturalnych, mających na celu pomoc regionom, które są opóźnione w swym rozwoju włączając w to obszary wiejskie. Pozostałe fundusze strukturalne to Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego (EFRR), Europejski Fundusz Społeczny (EFS) oraz Finansowy Instrument Orientacji Rybołówstwa (FIOR).
Poprawienie trafności finansowego wsparcia z WPR
W wyniku serii reform zapoczątkowanych w 1992 roku, wsparcie z WPR idzie teraz w nowych kierunkach. Zmniejszono nacisk na subsydia powiązane z rynkiem w ramach Filara 1, choć są one w dalszym ciągu ważne. Rolnicy otrzymują w rosnącej proporcji w budżecie WPR płatności bezpośrednie. Płatności te w mniejszym stopniu zaburzają rynek. Tymczasem wzrosła wysokośc środków kierowanych na rozwój obszarów wiejskich, które to wydatki mają pomóc społeczności wiejskiej jako całości.
WPR a rozszerzenie
W dniu 1 maja 2004 roku UE została rozszerzona o Cypr, Czechy, Estonię, Litwę, Łotwę, Maltę, Polskę, Słowację, Słowenię i Węgry. Rolnicy z tych nowych Państw Członkowskich zostali w pełni i natychmiast objęci rynkowymi narzędziami WPR, które pomogły w stabilizacji i wzroście ich dochodów oraz został uruchomiony specjalny zestaw narzędzi rozwoju wsi przystosowany do ich wymagań. Sumę dostępnych dla nich środków ustalono na 5,1 mld EUR na lata 2004-2006. Subsydia bezpośrednie będą wprowadzane stopniowo przez okres ponad 10 lat. Rolnicy tych państw otrzymają 25% pełnej raty unijnej w roku 2004, i rosnąco 30% w 2005 oraz 35% w 2006. Nowe Państwa Członkowskie mają możliwość podniesienia tych płatności do 55% w 2004, 60% w 2005 i 65% w 2006 z funduszy rozwoju wsi dla nowych państw oraz z budżetów krajowych. Dano im także możliwość wyboru opcji „uproszczonego” systemu pomocy bezpośredniej, gdyby dane Państwo sobie tego życzyło, na okres przejściowy.
W nowych Państwach Członkowskich znajduje się wiele „gospodarstw socjalnych”, które produkują na samo zaopatrzenie i tylko część produkcji sprzedają na rynku. Aby pomóc im w przekształceniu się w żywotne rynkowo gospodarstwa, a dodatkowo uzupełnić ich dochody do momentu aż gospodarstwo się podźwignie, wprowadzono specyficzne narzędzie finansowe w formie dopłaty – 1250 EUR na jedno gospodarstwo niskotowarowe rocznie. Wprowadzono także specjalną pomoc dla rolników osiągających standardy UE.
Od pierwszego dnia po przystąpieniu UE współfinansuje narzędzia rozwoju wsi w maksymalnym udziale 80%. Porozumienie o przystąpieniu stanowi, że wydatki z Funduszy Strukturalnych wyniosą w nowych Państwach Członkowskich 21,9 mld EUR w latach 2004-06. Nowe Państwa osiągną poziom wsparcia stosowany obecnie w UE w 2013 roku. Ponieważ pieniądze te mogą być uzupełniane z pieniędzy na rozwój wsi lub funduszy krajowych, to porozumienie o przystąpieniu powinno zapewnić rolnikom oraz obszarom wiejs