WPR powstała we wczesnych latach sześćdziesiątych XX w. w oparciu o postanowienia Traktatu Rzymskiego. Kładła nacisk na zapewnienie bezpieczeństwa żywnościowego poprzez wzrost produkcji w gospodarstwach rolnych, przy stosunkowo niskich cenach produktów rolnych. WPR oferowała subsydia i gwarantowane ceny rolnikom, zachęcając ich do intensywniejszej produkcji. Subsydia te zostały ujęte w ramy prawne zwane „wspólnotowymi organizacjami rynku” (ang. CMO) w odniesieniu do kilku produktów roślinnych i zwierzęcych.
Od połowy lat 60-tych do końca 70-tych WPR była rozwijana z wykorzystaniem finansowych instrumentów wsparcia. Pomocą finansową objęto restrukturyzację rolnictwa, wspierając między innymi inwestycje w gospodarstwach rolnych. Ich celem były działania zmierzające do poprawy stróktury gospodarstw, sposobów zarządzania, poziomu technologicznego i zawodowego dostosowanych do warunków gospodarczych i oczekiwań społecznych w owych czasach. Wprowadzono wiele elementów przyspieszających modernizację rolnictwa od pomocy przy przechodzeniu na wcześniejsze emerytury, szkolenia zawodowe po specyficzne narzędzia wspierania obszarów o niekorzystnych warunkach gospodarowania (ONW).
WPR odniosła tak wielkie powodzenie, że od lat 80-tych WE musiała borykać się z niemalże stale występującymi nadwyżkami większości produktów rolnych, z których część była eksportowana (z pomocą subsydiów) a część przechowywana lub niszczona wewnątrz WE. Skup interwencyjny nadwyżek, dopłaty do przechowalnictwa, subsydia eksportowe były wysoce kosztowne dla budżetu i rozregulowywały rynki światowe budząc sprzeciw krajów trzecich. W tym czasie działania w ramach WPR nie zawsze w dostateczny sposób chroniły interesy rolników a ponadto stały się niepopularne zarówno dla konsumentów jak i podatników.
Wymienione wyżej okoliczności wymusiły zmiany WPR. W 1992 roku uzgodniono ważne reformy obejmujące ograniczenie wspierania cen i zasady rekompensowania utraty dochodów rolnikom poprzez bezpośrednie wypłacanie pomocy. Zostało wprowadzonych wiele narzędzi rozwoju wsi, a zwłaszcza tych które zachęcały do gospodarowania zgodnie z zasadami zachowania zdrowego środowiska naturalnego. Limity produkcyjne pomogły w ograniczeniu nadwyżek. Rolnicy musieli zacząć zwracać więcej uwagi na potrzeby rynku oraz wychodzić naprzeciw zmieniającym się priorytetom społeczeństwa (np. zdrowa żywność, zachowanie środowiska).
Takie przeniesienie punktu ciężkości w ramach WPR otworzyło nowy etap reform, które uzgodniono w 1999 roku a są one znane jako „Agenda 2000”. Doszły też nowe ważne elementy jak np. polityka wielofunkcyjnego rozwoju wsi zachęcająca do podejmowania wielu inicjatyw, które pomagają rolnikom w różnicowaniu ich działalności, poprawie marketingu produktów rolnych, a ponadto wpływają na restrukturyzację ich działalności gospodarczej. Zasoby budżetowe przeznaczone na WPR zostały określone na lata 2000-2006, co pozwoliło rolnikom na planowanie działań w dłuższym okresie. Budżet został tak skonstruowany aby zapewnić podatników, że koszty WPR nie będą mogły rosnąć.