Pomimo przeniesienia punktu ciężkości WPR na płatności bezpośrednie dla rolników i wsparcie rozwoju wsi, głównym celem rolnictwa pozostaje produkcja żywności, a to oznacza, że narzędzia zarządzania rynkiem będą w dalszym ciągu odgrywały ważną rolę sieci bezpieczeństwa pomagającej w stabilizowaniu rynków wielu produktów rolnych. Mogą one dotyczyć zakupów, z pieniędzy UE, produktów na zapasy (tzw. skupy interwencyjne) jeśli nadwyżki produkcyjne lub nagłe zagrożenia ze strony importu mogłyby podkopywać ceny rynkowe. Inne narzędzia obejmujące finansowanie szczególnych schematów zdejmowania produktów z rynku UE także pozwalają na uniknięcie podkopywania cen Unii. Przykładem takiego mechanizmu mogą być subsydia mające zachęcać do stosowania odtłuszczonego mleka w proszku jako paszy dla zwierząt.
Tak więc w dalszym ciągu największy nacisk WPR będzie kładła na pomoc rolnictwu. Potwierdza to sposób wydatkowania funduszy przeznaczonych na Filar 1 (zarządzanie rynkiem i płatności bezpośrednie), te wydatki pozostają największe.

Instrumenty zarządzania rynkiem WPR-u ewoluują. Nowe, powiązane z rynkiem narzędzia odgrywają duża rolę w zachęcaniu rolników do produkowania roślin na które jest duży popyt.
Na przykład:
– specjalne subsydia wspierające rolników uprawiających rośliny białkowe takie jak fasola spowodowały, że UE jest mniej zależna od importu białka paszowego.

Wsparcie w ramach wszystkich narzędzi zarządzania rynkiem jest obecnie powiązane z osiągnięciem obowiązkowych standardów odnośnie ochrony środowiska, bezpieczeństwa żywności, zdrowotności zwierząt i plantacji oraz dobrostanu zwierząt. Są to nowe jasno określone obowiązki rolnika do utrzymywania ziemi w dobrej kondycji rolniczej i przestrzegania warunków ochrony środowiska. Poprzez nałożenia na rolników ścisłej dyscypliny, polityka wspierania dochodów staje się instrumentem zapewnienia lepszego przestrzegania standardów.

W czerwcu 2003 roku reforma WPR wprowadziła jednolitą płatność na gospodarstwo w miejsce większości bezpośrednich subsydiów płaconych rolnikom w ramach Agendy 2000. Nowa jednolita płatność nie będzie już nigdy więcej powiązana z tym co rolnik produkuje (chociaż Państwa Członkowskie mogą przyjąć system zgodnie z którym niektóre elementy subsydiów dla pewnych produktów pozostaną związane z produkcją). Wielkość płatności będzie wyliczana na podstawie subsydiów bezpośrednich otrzymywanych przez rolników w okresie referencyjnym (2000-2002). Głównym celem jednolitej płatności jest nakłonienie rolników aby stali się bardziej ukierunkowanymi na rynek i aby lepiej wykorzystywali swój potencjał inwestycyjny. Decyzje gospodarcze, które w przeszłości wynikały z oferowanych przez WPR subsydiów będą teraz podejmowane na podstawie zapotrzebowania rynku. Gdzie dana działalność produkcyjna jest opłacalna tam rolnik będzie ją kontynuował. Zreformowana WPR jest zaprojektowana tak aby rolnicy wykorzystywali te możliwości.
Dla zapewnienia utrzymania gospodarowania na gruntach rolnych w całej Unii, beneficjenci płatności bezpośrednich będą zobowiązani do utrzymywania swej ziemi w dobrej kondycji rolnej z zachowaniem warunków ochrony środowiska.

Zobacz też jak wyglądało to w powiecie bielskim.

Państwa Członkowskie mają kilka opcji do wyboru przy wprowadzaniu jednolitej płatności dostosowanych do narodowych i regionalnych priorytetów (produkcja rolna, środowisko czy na odwrót).